在使用反渗透水处理设备净化水时，原水的预处理是不容忽视的一道工序。预处理的主要目的是为了避免反渗透系统被堵塞，原水需要通过预处理将水中的悬浮物消除，以降低水的浊度；除此之外，还要杀菌以防孳生微生物。因反渗透对原水中的悬浮物有很高的要求，所以多用水质受悬浮物污染情况的污染指数来检测水质。这种方法实际上是对反渗透系统受水中悬浮物污堵情况的测定。进入到反渗透系统水最佳污染指数不大于5，建议污染值尽可能要小于3。
 对原水预处理时还需要考虑进水的pH值。各类半透膜都有最适宜其运行的pH值，因而需要根据反渗透膜的不同要求，对进水的pH值进行调节。此外原水的预处理还需要考虑进水温度。半透膜的透水量是随着水温的增高而加大的，但过高的温度会使醋酸纤维素膜的水解速度加快，且会让有机膜变软，易于压实。因此，对有机膜而言，温度一般控制在20—40℃左右最合适，复合膜温度最好控制在5—45℃范围内。